Crijevna sluznica je najdublji sloj organa i kao takva izravno je okrenuta prema lumenu crijeva, u bliskom dodiru s proizvodima probave.
Ispod sluznice, nastavljajući prema van, sastaju se preostale tunike: submukoza, muskularis i seroza.
Sluznica crijeva sastoji se od tri različita dijela: jednog sloja epitelnih stanica, vezivnog tkiva koje drži epitel (lamina propria) na mjestu i malog sloja glatkih mišića, tzv. muscularis mucosae, što ga odvaja od tunike ispod.
U tankom crijevu crijevna sluznica ima baršunast izgled, što je posljedica raširene prisutnosti malih prstiju sličnih grebena nazvanih crijevne resice.
Baš kao što biljke korijenjem upijaju hranjive tvari u tlo, crijevne resice upijaju tvari bitne za rast i opstanak stanica.
Crijevne resice (vidi sliku) imaju za cilj povećati upijajuću površinu, dodatno proširenu podizanjem sluznice u makroskopskim naborima i potonućem epitelnog sloja:
brojni nabori crijevne sluznice dvanaesnika i jejunuma zovu se nabori, polumjesečni nabori ili povišen zalisci, dok se cjevaste invagacije epitela, koje prodiru duboko u potporno vezivno tkivo, nazivaju kriptama.
Procjenjuje se da je crijevna sluznica prekrivena s oko 40 milijuna resica, otprilike 18-40 po kvadratnom milimetru. Svaki resica se sastoji od vezne osi prekrivene jednim slojem upijajućih stanica, čija membrana - okrenuta prema lumenu - ima tanke citoplazmatske izbočine poput prsta rukavice. Ti sićušni reljefi, vidljivi samo pod elektronskim mikroskopom, zovu se mikrovili i zajedno čine obrub četke.
Posebna konformacija upijajućih stanica, također poznatih kao enterociti, ima za cilj maksimiziranje probavne i apsorpcijske sposobnosti organizma.
Među brojčano najbrojnijim enterocitima izdvajaju se neke vrčaste stanice koje izlučuju sluz u crijevni lumen. Ova viskozna i maziva tvar odgovorna je za zaštitu crijevne sluznice od uvreda kiselina i probavnih proizvoda, kao i od probavnih enzima koji bi je mogli napasti.
U brazdama raspoređenim između resica nalazimo daljnju komponentu, predstavljenu Galeazzijevim žlijezdama ili Lieberkuhnovim kriptama, raširenim po tankom crijevu i prisutnim u debelom crijevu.Kripte se sastoje od stanica koje će sazrijeti u enterocite (apsorbirajuće stanice), od drugih koje prerađuju sluz, od seroznih stanica koje sintetiziraju enzimske proteine, od Panethovih stanica koje proizvode lizozim i druge antimikrobne enzime te od srebro-afinitetnih stanica želuca -endokrini sustav, crijevni, koji proizvode endokrine i parakrine hormone koji olakšavaju probavu i apsorpciju.
Sluznica crijeva "